绿色玛瑙也是微晶质的石英集合体，与绿玉髓的区别在于地质成因的不同，玛瑙的形成与火山活动有关，而绿玉髓则是风化淋滤的表生地质作用下形成的。从宝石学的角度，绿色玛瑙与绿玉髓的最大区别是绿色玛瑙的颜色是人工染色的，绿玉髓的颜色则是天然的，所以两者的价格差别很大。不过玛瑙染成绿色并非出于仿冒翡翠的目的，而是玛瑙传统的一种加工工艺。与绿玉髓相比，绿色玛瑙与翡翠的区别更为明显，主要的特征如下。
石英微晶（化学式SiO2）为主，占90%以上，含有数量不等的粘土杂质。
2.外观特征
染绿色玛瑙一般为半透明，玻璃光泽，颜色均匀，但常可见平行的色带。
3.物理性质
折光率：1.55左右；
相对密度：2.80左右；
摩氏硬度：7；
绿玛瑙颜色比较均匀，有平行的色带，没有翡翠常见的色根。
2.结构特征
抛光表面光滑，玻璃光泽，没有橘皮效应，没有粒状结构。
3.物理性质
相对密度为2.6左右，折射率1.55，都比翡翠小很多。